Předmět Podniková ekologie 2. je druhým ze dvou samostatných modulů zaměřených na praktickou přípravu pro výkon práce podnikového ekologa. V tomto modulu student absolvuje výuku k posouzení podniku z hlediska plnění povinností v oblasti ochrany ovzduší, praktická část je zaměřená na vedení provozní evidence a zpracování provozního řádu zdroje znečištění ovzduší. Součástí praktické části je zpracování souhrnné provozní evidence a poplatkového hlášení. Student získá přehled o orgánech ochrany ŽP a také kontrolních orgánech ve všech oblastech kontrol ŽP v podniku. Poslední okruhem je systém environmentálního managementu v podniku a zavedení, resp. udržování normy ČSN EN ISO 14001:2016 a přehled o normách ŽP. V praktické části se student naučí zpracovat agendu EMS a provést interní audit. V tomto modulu také získá znalosti pro zpracování dalších povinných dokumentů v oblasti ŽP v podniku a naučí se zpracovat hlášení do integrovaného registru znečištění. Součástí modulu Podniková ekologie II. je oblast hospodaření s energiemi.